Broedvogels van steekproefgebieden op Schiermonnikoog in 1996 / M. KoopmansBroedvogels van de Schildhoek en Sennerplaat in 1996 / Mark KoopmansWeidevogels tusken Tsjukemar en Tsjonger in 2004 / M. KoopmansBroedvogels van It Easterskar in 2007 / M. Koopmans, Y. van der HeideFlora en fauna in het Knarbos in 2007 / M. Koopmans, H. MiedemaWeidevogelinventarisatie Stinswei 2011 / M. KoopmansGanzen en smienten rond het Leekstermeer in een tijd van vergraving en vernatting : monitoring inzake de waterberging 2008-2012 / M. Koopmans, R. Oosterhuis, R. Blaauw, S. Attema, D. BosMonitoring vismigratie - najaar 2013/voorjaar 2014 / M. KoopmansInventarisatie natuurwaarden Lelystad Airport / M. Koopmans, H. Miedema
author
Beheerplan Grutte Wielen 2002-2027 / E. Wymenga, E.B. Oosterveld, M. Koopmans ; m.m.v. S. Rintjema (It Fryske Gea)Verspreiding van beschermde vissoorten in Fryslân / A. Brenninkmeijer, R. van der Hut, M. KoopmansFisk atlas Fryslân : verspreiding en ecologie van zoetwatervissen in Fryslân / samenstelling en redactie John Melis en Mark Koopmans ; redactie Bregtje Kuik, John Melis, Arthur de Bruin, Theo Claassen & Roelof Veeningen ; auteurs Mark Koopmans, Bregtje Kuik, John Melis, Roelof Veeningen & Eddy Wymenga ; overige tekstbijdragen Pyt Achenbach, Jeroen Bosveld, Allix Brenninkmeijer, Theo Claassen, Yde van der Heide, Wouter van der Heij, Nils van kessel, Aaltje Stellema, George Wintermans ; illustraties Altenburg & Wymenga, wetterskip Fryslân en Berbel HoogerheideNatuurmonitoring Eemshaven en natuurontwikkelingsgebieden Emmapolder 2008-2013 / A. Brenninkmeijer, M. Koopmans, E. Klop, R. Bakker, F. Hoekema, H. SteendamDe Meervleermuis in Fryslân : kennisontwikkeling voor monitoring / A-J. Haarsma, M. Koopmans